厦门大学航空航天学院自动化系源于1972年我国著名控制论专家李文清教授在数学系创办的控制理论专业。

1978年，厦门大学数学系获运筹学与控制论硕士学位授予权，属国家首批。同年，李文清教授招收第一届滤波与随机控制方向硕士研究生。

1979年，受中国自动化学会的委托，厦门大学举办了第一届全国控制理论与应用学术交流会，即现在的中国控制会议。同年，贺建勋教授招收大系统理论与应用方向硕士生。

1982年，在李文清教授等的筹划下，以控制理论专业为基础的计算机科学系成立，这是国内最早组建的计算机系之一，李文清教授担任了首届系主任。同年，计算机科学系增设计算机软件专业。

1984年计算机科学系增设系统工程专业，即下设控制论、软件、系统工程三个本科专业。

1986年，计算机科学系获系统工程专业硕士学位授予权。

1987年，计算机科学系更名为计算机与系统科学系，同年，控制理论专业改名控制科学专业。

1991年，计算机与系统科学系分立为计算机科学系和系统科学系。系统科学系设系统工程、控制科学两个本科专业和系统工程、运筹学与控制论两个硕士学位授权点。

1993年，控制科学专业获准改为自动控制专业。

1994年，运筹学与控制论专业获准改为自动控制理论及应用专业。

1996年，系统科学系改名为自动化系。

1999年，由计算机科学系、自动化系和电子工程系组建计算机与信息工程学院。同年，按照原国家教委的要求进行专业调整，自动化系将自动控制专业和系统工程专业合并成自动化专业。

2000年，系统工程专业部分教师转入新组建的管理学院管理科学系。

2002年，自动化系获控制工程领域工程硕士学位授予权，为本校零的突破。

2003年，获批控制理论与控制工程二级学科博士点。

2004年，计算机与信息工程学院更名为信息科学与技术学院。

2005年，获批系统工程二级学科博士点，获批控制科学与工程一级学科硕士点，控制理论与控制工程获评福建省重点学科。

2012年，获批控制科学与工程博士后流动站，控制科学与工程获批为福建省重点一级学科。

2013年，自动化本科专业入选教育部卓越工程师培养计划、控制科学与工程获批福建省控制科学与工程研究生教育创新基地、首次获得高等学校博士学科点专项科研基金“优先发展领域项目”资助。

2015年，自动化系整建制参与组建航空航天学院。

2017年，获批控制科学与工程一级学科博士点。

2022年，厦门大学控制学科迎来学科建立50周年。